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2024年8月5日月曜日

【統計ソフト】MacでRコマンダーやEZRが利用できない場合の対処方法について(2024年8月版)

作成 2024年8月5日

 MacでRコマンダーを使用しようとした際に,Rコマンダーの読み込み(library(Rcmdr))後にRが終了してしまう不具合への対処方法を紹介します。また,EZRはRコマンダーを介して使用するため,MacでEZR利用ができなくなって困っている場合も以下の方法で解決する可能性があります。確認した環境はMacBook Air (M1, 2020),MacOS Sonoma 14.6です。なお,ここで紹介する作業を行う場合はすべて自己責任で行ってください。

目次

  1. 症状
  2. Rの言語設定を英語に変更する
  3. Rのバージョンを下げる
  4. XQuartzのバージョンを下げる
  5. その他のTIPs

 確認した元環境では,Rコマンダー及びEZRが利用できなくなっていましたが,2-5のいずれか,あるいは複数を実行することでRコマンダー及びEZRを利用できるようになりました。

2023年2月1日水曜日

【統計ソフト】MacでEZRを使用する際のTIPS(5):文字のずれを解消する(一時的)

Mac環境でEZRを使用する際の困りごとの解消方法を説明するシリーズです。(ラベル=EZRMacTIPS)  

文字のズレを解消する(一時的) 作業難易度★(やさしい)

Mac版EZRで,インポートしたデータを表示したり分析の結果を表示する際に,行によって横幅が揃わずガタガタになっていることがあります。フォントを変更することで,このガタガタを軽減~解消することができます。

【統計ソフト】MacでEZRを使用する際のTIPS(4):Rを起動したらEZRが自動起動するようにする

Mac環境でEZRを使用する際の困りごとの解消方法を説明するシリーズです。(ラベル=EZRMacTIPS) 

Rを起動したらEZRが自動起動するようにする 作業難易度★★(ちょいむず)

MacでEZRを使用するには,起動時にコマンド(library(Rcmdr))を入力したり,プラグイン起動やRの再起動を行わなければならず,少々手間がかかります。このひと手間を解消する方法を紹介します。

Rが起動時に参照する設定ファイル「.Rprofile」に以下のコマンドを入力しておくことで,Rを起動するだけで自動的にEZRまで起動します。

options(Rcmdr=list(plugins='RcmdrPlugin.EZR'))
library(Rcmdr)
local({
old <- getOption('defaultPackages')
options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))
})

【統計ソフト】MacでEZRを使用する際のTIPS(3):グラフの日本語文字化け対策

Mac環境でEZRを使用する際の困りごとの解消方法を説明するシリーズです。(ラベル=EZRMacTIPS)

グラフの日本語文字化け対策 作業難易度★★(ちょいむず)

Mac版EZRでグラフを作成すると,日本語の文字列が豆腐状(□□□)に文字化けしてしまいます。これを修正します。

Rコマンダーの「Rスクリプト」欄に以下のコマンドを記入することで,グラフ出力時の文字化けを防ぐことができます。

par(family = "HiraKakuProN-W3")

【統計ソフト】MacでEZRを使用する際のTIPS(2):グラフを画像としてコピーする

Mac環境でEZRを使用する際の困りごとの解消方法を説明するシリーズです。(ラベル=EZRMacTIPS)

グラフを画像としてコピーする 作業難易度★(やさしい)

Mac版EZRでグラフを「保存」すると,標準ではPDFになってしまいます。

グラフを画像データとして利用したいときは,グラフウィンドウを選択した状態で「Command+C」を押してください。画像としてコピーされます。

その後,WordやPowerPoint上で「Command+V」を押すと,先程のグラフが貼り付けられます。背景は透過処理されています。

もしくはMacの標準機能で,「Shift+Command+5」でグラフウィンドをスクリーンショットで切り取っていただくという方法もあります。

【統計ソフトヘルプデスク】

HP:https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/mnc_stat.php
メール:mnc_stat☆ml.toho-u.jp
 ※「☆」記号を「@」に置き換えて下さい。

2022年7月13日水曜日

【統計ソフト】MacでEZRを使用する際のTIPS(1):メニューなどが英語で表示される場合の対処方法

Mac環境でEZRを使用する際の困りごとの解消方法を説明するシリーズです。(ラベル=EZRMacTIPS)

Mac環境の「EZR」でメニューなどが英語(などの予期せぬ言語)で表示されている状況で,表示を日本語に変更する方法について説明します。

こんな風に英語メニューになっているのを直します。 

2021年11月9日火曜日

【統計ソフト】フリー統計ソフト「EZR」に解析パッケージを追加して使用する方法

フリー統計ソフト「EZR」には統計解析のための基本的なRパッケージが含まれていますが,ここでは初期インストールに含まれていない解析パッケージの追加方法とその使用方法を説明します。なお,追加したパッケージはEZRのメニュー画面からは操作できないため,解析処理はR Consoleからコマンド操作によって行うことになります。

説明環境はWindows10, EZRのバージョンは1.53です。その他,説明内の情報は全て本記事作成時点のものです。

以下ではirrパッケージ(irr=inter-rater reliability:検者間信頼性)の追加と,irrパッケージによる級内相関係数(ICC)算出の方法を例に説明します。

Ⅰ. 追加方法

1. DLサイトの選択

R Console > メニューの「パッケージ」>「CRANミラーサイトの設定」
>「Japan(Tokyo)」を選んで「OK」。

2021年7月6日火曜日

【統計ソフト】EZRの基本的な使い方を説明する新動画シリーズの第1弾(データのインポート)を作成しました。

フリーの統計ソフト「EZR」の基本的な使い方を説明する新動画シリーズの第1弾(データのインポート)を作成しました。

今回の動画では,「EZR」へのデータのインポートと,インポートの際の重要な注意事項,EZRの終了方法などについて説明しています。EZRのインストールと起動方法については,こちらの記事(Windows, Mac)で説明しています。※WindowsとMacで多少メニュー配置が異なりますが,基本的な操作方法は共通です。

・EZRの基本(1)データのインポート

動画内で使用しているSAMPLEデータは以下からダウンロードできます。
以下のブロク記事でSAMPLEファイルの内容を説明しています。 
この動画を含むSPSSの操作説明の動画リストはこちらです。
・EZRの基本(Youtubeへ移動)

【統計ソフトヘルプデスク】
メール:mnc_stat☆ml.toho-u.jp
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2021年6月16日水曜日

【統計ソフト】フリー統計ソフト「EZR」のMac環境でのインストール方法および起動方法

フリー統計ソフト「EZR」のMac環境でのインストール方法および起動方法について説明します。
 
説明環境はmacOS11.4(Big Sur), EZRのバージョンは1.54です。
その他,説明内のソフトのバージョンなどは全て本記事作成時点のものです。
EZRは,Intel(Core i...) MacでもApple Silicon(M...) Macでもどちらでも動作します。
 
Windows環境でのインストール・起動方法はこちらの記事をご参照下さい。 
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Mac環境では,EZR実行のために「XQuartz」というソフトを追加で使用します。 
また,EZRを直接起動するのではなく,Rを起動し,R上からパッケージのプラグインの一つとしてEZRを呼び出します。
 

I.インストール


1.「XQuartz」の
インストール
 ・XQuartz
 まず,上記サイトから「XQuartz-2.8.1.dmg」をダウンロード後,インストールしてください。
 
 

2021年5月20日木曜日

【統計ソフト】EZRの簡易マニュアルを公開しました

EZRの簡易マニュアル「EZRの基本事項及び操作メニュー案内」を公開しました。

EZRを開くと見慣れぬウィンドゥが立ち上がり,「どこから手を付けていいかわからない!!」となるかと思います。

このマニュアルでは,よく行う処理をメニューのどこから実行すればよいかを抜粋して紹介しています。

操作方法の詳細については,このマニュアルには記していませんので,ヘルプデスクまでご連絡ください。なお,操作方法の詳細を説明する動画を現在作成中です。SPSSについては以下から操作説明動画ご利用いただけます。

・SPSSの基本(Youtubeへ移動)

【統計ソフトヘルプデスク】
メール:mnc_stat☆ml.toho-u.jp
 ※「☆」記号を「@」に置き換えて下さい。

2020年10月26日月曜日

【統計ソフト】フリー統計ソフト「EZR」のWindows環境でのインストール方法および起動方法

フリー統計ソフト「EZR」のWindows環境でのインストール方法および起動方法について説明します。

説明環境はWindows10, EZRのバージョンは1.53です。
EZRの基本的な説明はこちらのブログ記事をご参照ください。

Mac環境でのインストール・起動方法はこちらの記事をご参照下さい。

1.ソフトの入手


1)以下のサイトにアクセスします。

・無料統計ソフトEZR (Easy R) - 自治医科大学
もしくは,Googleなどで「EZR」と検索すると上位に出てきます。

2)左側のメニューバーから「ダウンロード(Windows標準)」を選択します。


3)「Windows版はここをクリックしてダウンロードしてください(Ver. 1.53 2020/10/15)。」をクリックし,ダウンロードします。

バージョン名や更新日付などはダウンロードの時期によって異なる可能性があります。
サイズが600MBほどあります。インターネットの回線の状況によっては,ダウンロードに少々時間がかかります。

2020年10月1日木曜日

【統計ソフト】SPSSとEZRの説明動画で使用しているSAMPLEファイルのダウンロードリンクと内容説明

SPSSとEZRの説明動画で使用しているSAMPLE(サンプル)ファイルのダウンロードリンク集です。また,ファイルの内容についても説明しています。

1.「sample_SHHS*」ファイルについて


イギリスで行われた心疾患有病率についての疫学研究(Scottish Heart Health Study(SHHS)1984-1986)を参考にしたSAMPLEデータです。

ファイルへのリンク
https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/doc/mmc/helpdesk/sample_SHHS.sav
https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/doc/mmc/helpdesk/sample_SHHS_v3.sav
https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/doc/mmc/helpdesk/sample_SHHS_v3.xlsx

データ数
・400行

カラム情報
【全ファイル共通】
・age:年齢
・age_range:年齢幅(1=40~44, 2=45~49, 3=50~54, 4=55~59)
・TC:総コレステロール(mmol/L)
・BMI:(kg/m2)
・SBP:収縮期血圧(mmHg)
・smoke:喫煙歴(1=never, 2=ex, 3=current)
・PA:身体活動(1=active, 2=average, 3=inactive)
・CHD:冠動脈疾患発生有無(0=no, 1=yes)

【sample_SHHS_v2】
・PA2値:身体活動有無(0=活動有, 1=活動無)
 ※このカラムを追加しました。

【sample_SHHS_v3】
・PA2値v3:身体活動有無(0=活動無, 1=活動有)
 ※v2と0/1の意味を逆にしました。
・smoke2値:喫煙有無(0=喫煙無,1=喫煙有)
 ※このカラムを追加しました。
・SBP10:収縮期血圧(mmHg)/10
 ※このカラムを追加しました。

2.「correlation」ファイルについて


6歳から18歳の架空の100人の子どもの,「身長」「体重」「BMI」「年齢」「あるテストの点数」のデータが含まれているSAMPLEデータです。

ファイルへのリンク

カラム情報
・身長:cm
・体重:kg
・BMI:体重/(身長(m))^2
・年齢:6~18
・点数:架空のテストの点数です。

3.「sample_recurrent」ファイルについて


架空の患者群の,ある疾患の再発までの日数などを記録したSAMPLEデータです。
なんらかの事情で再発無しのまま研究期間の途中で研究参加をやめた患者データについては,その時点までの日数を記録し,再発無としています。

ファイルへのリンク

データ数
・80行

カラム情報
・no.:ID
・sex:性別(F=女性,M=男性)
・treatment:治療法(0=A, 1=B)
・event:再発有無(0=再発なし,1=再発)
・recurrent_day:再発までの日数

4.「sample_enquete」ファイルについて


ある病院の看護師さんへの架空のアンケート結果を記録したSAMPLEデータです。
アンケートの質問項目は以下です。

問1 勤続年数を教えてください(年)
問2 性別を教えてください(0=男性, 1=女性)
問3 看護職としての業務について満足していますか
  (1=不満, 2=少し不満, 3=普通, 4=少し満足, 5=満足)
問4 あなたが働く目的について,以下から選択してください【複数回答可】
  (1=自己実現のため, 2=人の役に立ちたい, 3=収入を得るため, 4=その他(  ))

ファイルへのリンク

データ数
・30行

カラム情報
・ID:No.
・問1.勤続年数:年
・問2.性別:0=男性, 1=女性
・問3.満足度:1=不満, 2=少し不満, 3=普通, 4=少し満足, 5=満足
・問4.目的:自己実現のため(0/1)
・問4.目的:人の役に立ちたい(0/1)
・問4.目的:収入を得るため(0/1)
・問4.目的:その他(0/1)
・問4.目的:その他(自由記述)


【統計ソフトヘルプデスク】
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2020年6月22日月曜日

【統計ソフト】EZR(イージーアール)とは

EZRってなに?

フリーの統計解析ソフト「R」のカスタマイズパッケージで,誰でも無料で利用できます。

自治医科大学付属さいたま医療センター血液科の神田善伸氏が作成しています。

 

EZRの特徴は?どんな解析が行えるの?

通常のRではスクリプトを打って操作する必要がありますが,「EZR」は市販の統計ソフトやエクセルなどと同じように,メニュー画面からマウスで操作をすることができます。

また,メニューから操作できるその他のRパッケージと比べても,医療統計で役立つ解析が充実しています。主な解析機能は以下から確認できます。

・無料統計ソフトEZR (Easy R) 解析機能一覧 / 自治医科大学附属さいたま医療センター血液科

http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/function.html

 

論文に使えるの?

EZRの統計処理はRによって行われており,Rは世界的にも信頼のある統計ソフトです。

開発者によると,EZRを用いて書かれた英語論文は2020年9月時点で4,000本以上あるとのことです。(ただし,統計ソフトとしてEZRの使用を認めるかどうかは個別の雑誌の判断になると思います。)

 

どこから入手するの?

以下の開発者サイトからダウンロードできます。

・無料統計ソフトEZR / 自治医科大学附属さいたま医療センター血液科

http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/statmed.html

 

どんなOS上で使えるの?

開発者サイトでは以下のOSでの動作確認が報告されています。(2020年6月時点)

当ヘルプデスクでは基本的にはWindows10環境をサポートします。

Mac環境も可能な範囲でサポートしますが,ヘルプデスクではMacを保有していないため,

Mac固有の操作方法・問題・症状には回答できません。

・Windows XP~10

・Mac OS X Snow Leopard(10.6) ~ Catalina(10.15)

・Ubuntu※ 11.10~20.04

※Linuxのメジャーなディストリビューションの一つです。


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本ブログのそのほかの記事を紹介します。


SPSSの基本的な操作方法を動画で説明している記事一覧は以下です。
・SPSSの操作説明動画
統計ソフトを使う上で知っていると役に立つ,統計の基礎的な事項について説明している記事一覧は以下です。
統計ソフトの概要や操作マニュアルに関する記事一覧は以下です。


【統計ソフトヘルプデスク】

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